Основан в 1998 по инициативе Сергея Ковальского и Евгения Орлова на территории Арт-центра «Пушкинская-10». Учредитель – Товарищество «Свободная культура». Директора – Марина Колдобская (выставки новейших течений; до 2001), Евгений Орлов с 1998 (выставки художников «газаневской культуры» и современное искусство России и зарубежья); главный научный сотрудник – Андрей Хлобыстин.
Музей располагает коллекцией произведений нонконформистского изобразительного искусства второй половины ХХ века. При музее открыт «Петербургский Архив и Библиотека Независимого Искусства». Как отделение работает авторская галерея В. Воинова «Мост через Стикс», экспозиция которой составлена в сотрудничестве с Отделом новейших течений Государственного Русского музея. В фондах музея хранится коллекция фотоизображений галереи "ФотоImage". Ежегодно в музее проходит более двадцати выставочных проектов. С марта 2002 постоянная экспозиция «Художники-нонконформисты 2-й половины ХХ века» располагается в отдельном флигеле, проект которого выполнен художником А. Менусом, при финансовой поддержке Комитета по культуре Администрации С.-Петербурга. «Деятельность Музея преследует две основные цели. Во-первых, Музей собирает, хранит и выставляет неофициальное искусство 50-х – 80-х годов, в первую очередь ленинградский художественный андеграунд. Во-вторых, Музей работает с современным искусством, инициирует и поддерживает актуальные проекты. Работая в этих направлениях, Музей формирует свою коллекцию, поддерживает связи с петербургскими и российскими кураторами и коллекционерами, развивает международные контакты, участвует в крупных городских культурных акциях.» (Е. Орлов).
Музей нонконформистского искусства – выставочный, научный и архивный центр по изучению и пропаганде нонконформистского искусства, а также и современного некоммерческого искусства России, Европы и Америки.
Материалом для начала работы музея послужила коллекция произведений современного искусства, которая была собрана в 80-х – 90-х годах «неофициальными» художниками и представляющая нонконформистское искусство Ленинграда-Петербурга второй половины ХХ века.
С 1998 по 2003 года Музеем нонконформистского искусства было проведено 40 выставок, издано 30 каталогов и буклетов, создан архив, насчитывающий более 1000 единиц хранения, включающий, помимо прочих объектов, уникальную коллекцию видеоматериалов на цифровых носителях по выставкам и культурным акциям, проходившим в Санкт-Петербурге за последние 14 лет.
Музей ведет активное сотрудничество с ведущими выставочными площадками и музеями нашего города: Эрмитажем, Государственным Русским музеем, Музеем истории Санкт-Петербурга и др..
В 2002 году начался большой проект по представлению коллекции музея в университетских музеях США, рассчитанный на два года.
К 300-летию Санкт-Петербурга сотрудниками музея разработан проект проведения «Фестиваля нонконформистского искусства», на котором будет представлена коллекция музея, а также история движения художников-нонконформистов с целью ознакомления широких слоев петербуржцев, гостей Северной столицы, а также специалистов в области искусствоведения и истории. Проект возник в связи с необходимостью заполнить пробел в современном искусствознании и связать времена существования русского авангарда 1910 – 1920 годов и искусство второй половины ХХ века, разорванные вторжением советской идеологии в искусство.
